Могу ли я подать декларацию в налоговую ИП на УСН, не по ставке 6%, а по ставке 13%.?

Ответ: Нет конечно. Вы выбираете систему которая весь год действует и менять ставку (или я так понял налоговый режим) самопроизвольно задним числом вы не можете.